運作：格物院隸屬朝廷，但相對獨立，由皇帝特簡重臣或名儒主持（李瑾隱晦表示愿擔此任）。院內設“博士”、“助教”、“生徒”等職。博士、助教不僅從經學名儒中選聘，更應廣招天下“通曉一藝、明于物理”的巧匠、醫師、算家、海客乃至“蕃客”中有專長者，充任“技博士”或“技導”。生徒來源，既可從未入仕的“實學”士子、匠戶優秀子弟中選拔，亦可從國子監等官學中，選拔對“實學”有興趣者轉入。
與科舉銜接：格物院優秀生徒，經考核，可給予“格物生”出身，由吏部酌情授官，或優先參加吏部“書判拔萃”等選拔。同時，可建議未來科舉，為“格物院”出身或通曉格物院考核內容的士子，設立特殊通道或加分優待，實質上是為其“專科取士”鋪路。
與現有“試點”結合：可將“百工創新署”并入格物院“制器部”，作為其應用轉化機構；海外探索所得知識，歸“博物部”整理；“新式農具推廣”等具體項目，可由格物院提供技術支持與標準制定。
奏疏寫畢，李瑾又附上了一份詳細的“格物院籌建草案”，包括院址選址（建議利用城南一片官地，靠近工坊便于實踐）、建筑規制、初期人員編制、經費預算（主要來自將作監結余、皇帝內帑特批及未來可能的技術轉讓收入）、以及首期重點研究項目（如繼續改進高爐煉鋼、探索焦炭大規模生產、研究海船抗風浪結構、繪制更精確的全國及海外分圖等）。
奏疏通過于志寧，直呈御前。李治覽罷，沉思良久。他敏銳地意識到，這“格物院”之議，是李瑾將其“實學”理念制度化、常態化的關鍵一步。若成，則“實學”將從個人的、零散的倡導，變為國家支持的、系統性的學術與工程體系，對未來王朝的發展走向影響深遠。其中關于吸納匠人、蕃客為“技博士”，以及變相為“專科取士”開路的設想，雖顯大膽，卻與他一貫的“務實”、“求才”思路暗合。且李瑾巧妙地將機構設立與《大學》“格物致知”的圣人之道掛鉤，使其在理論上難以駁斥。
然而，阻力必然巨大。這無疑將觸動國子監、弘文館等傳統教育機構的利益，更會引發清流對“工匠技藝登堂入室”、“淆亂學統”的激烈反對。那些“試點”尚可說是“實務所需”，而這“格物院”的設立，則近乎宣告一種新的學問體系和人才選拔標準將與舊體系并存，甚至挑戰。
李治將奏疏壓下數日，先私下征詢了長孫無忌、褚遂良、于志寧等重臣的意見。長孫無忌依舊持重，認為“立意雖佳，然茲事體大，牽涉學政根本，當緩議。可先允其以‘督行實務使’名義，擴大‘百工創新’規模，增募些通曉技藝之人辦事，觀其效，再議建院不遲。”褚遂良則明確反對，認為“學校之設，所以明人倫，非為雕蟲之技。若使工匠雜流與士子同列，成何體統？且恐啟僥幸之門，壞士習。”于志寧、閻立本則力主支持，強調“實學乃強國之基，格物院非為取代經學，乃補其不足。且不費國帑，以技養技，何樂不為？”
皇帝權衡再三，決定折中。他沒有立即批準建立獨立的“格物院”，但采納了李瑾奏疏中的部分核心構想，并賦予其更高級別的官方色彩。
臘月廿三，小年。皇帝頒布敕書：“朕惟治道在實，學貴致用。今有督行實務使李瑾所請，于京師籌建‘格物院’，專究物理，以資實政，深契朕心。著即于將作監內，辟地增建‘將作監格物所’，由督行實務使李瑾兼領。該所秩同將作監署，可自行聘請通曉天文、地理、算學、營造、軍械、百工、海舶之技士為‘咨議’、‘導匠’，不限出身，優給廩餼。原‘百工創新署’并入該所。該所一應研議所得，凡有益國計民生者，可由將作監上奏，酌情推行。所需經費，于將作監歲入及朕特賜內帑中支用，需報備戶部、御史臺稽核。望其恪守‘格物致用’之本，勿負朕望。”
敕書巧妙地做了變通：不設獨立的“格物院”，而是在將作監下設“格物所”，級別為“署”級，由李瑾這個“督行實務使”兼領，保持了與現有官僚體系的銜接，也降低了“另立門戶”的敏感性。給予其自主聘請各類技術人才（“咨議”、“導匠”）并“不限出身”的權力，這實際上認可了李瑾“唯才是舉”的理念。經費由將作監和內帑支持，也保證了其運作的獨立性。最重要的是，它有了正式的名分和架構！
“將作監格物所”的牌子，在臘月廿八，年關之前，掛上了將作監衙門內新劃出的一片獨立院落門上。沒有盛大的儀式，但知情者都明白這塊牌子的分量。它意味著，李瑾倡導的“實學”，終于有了一個名正順的、官方認可的、可以匯聚人才、開展系統研究的“大本營”。
李瑾站在新掛的牌匾下，仰頭望去。“格物”二字，在冬日的陽光下，顯得樸拙而有力。他知道，這并非終點，而是一個全新的、更具挑戰性的。“格物所”的建立，是皇帝對他最大的支持，也是對他最大的考驗。他必須在這里，產出足以讓所有人信服的成果，將“格物致知、實學經世”的理念，深深地烙印在這個帝國的肌體之中。
他轉身，走進掛著“格物所”匾額的大門。院內，魯平、鄭師傅、張遂、徐有功、姜師度等人已等候多時。更有一批新近招募的、來自各地、身懷各藝的“咨議”、“導匠”，帶著好奇、期待、或許還有一絲忐忑，望著這位年輕的“督行實務使”兼“格物所”主持。
“諸位，”李瑾目光掃過眾人，聲音平靜而充滿力量，“自今日起，此處便是吾等‘窮究物理，致用實學’之所。天高地迥，萬物有理。吾等當效先賢，仰觀天文，俯察地理，近取諸身，遠取諸物，通其變，極其數，制其器，利其生。以手中之技，心中之學，報效君國，造福生民。前路漫漫，愿與諸君，共勉之！”
眾人肅然，齊聲應諾。一股嶄新的、充滿探索與創造氣息的力量，在這座新掛牌的“格物所”內，悄然凝聚。
長安城的年節氣氛越來越濃，而“將作監格物所”內的燈火，也常常亮至深夜。那里，有對星圖的測繪，有對算題的爭論，有對海船模型的推敲，有對新式織機的構想，也有對一卷卷新搜集來的海外見聞的解讀。
李瑾知道，隨著“格物所”的建立，他在這大唐的根基，又深扎了一層。而未來的路，也將隨著這“格物”之光的照耀，變得更加清晰，也更加波瀾壯闊。屬于他的時代畫卷，正隨著這方新辟的天地，徐徐展開更為宏大的篇章。
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