永歷四年十一月，平南王尚可喜、靖南王耿繼茂攻陷廣州，定南王孔有德占領桂林，駐于梧州的永歷朝廷在同一日聞聽兩座省會陷落，當即便是亂成了一團。梧州位于兩廣之間，于現今的形勢乃是處于備受夾擊之勢。不需要太多廢話，朝廷上下倉促而逃，直奔南寧而去。

南寧是廣西南部的重鎮，永歷君臣打算到了南寧，起碼是暫且脫離了清軍的兵鋒之后再做打算。待到途徑潯州地界，慶國公陳邦傅決議降清，準備將永歷帝獻給清軍，結果被永歷帝提前獲知，“沖雨而過”。未能將永歷帝作為投名狀送給清軍，陳邦傅干脆劫掠了一番隨行官員，隨后殺了撤退至此的宣國公焦鏈，憑此與其子文水伯陳曾禹向孔有德投降。

脫得虎口，但是兩廣即將陷落，再加上撤退時的漫無組織，亂兵乘機劫掠，一些有心追隨朝廷的官員也裹足不前。

到了此時，隨行的只剩下了內閣大學士嚴起恒、錦衣衛馬吉翔、太監龐天壽等少數官僚。除了鎮西將軍朱旻如在昭平縣陣亡、被革職的朝臣汪皞投水自盡以外，如明末四公子之一的方以智和五虎之一的“虎牙”金堡剃發為僧，逃入禪宗；如兵部尚書劉遠生及其弟五虎之一的“虎皮”劉湘客避入深山；如魯可藻、錢秉鐙、王夫之等人都是在這時脫離永歷朝廷返回清政府統治下的故鄉以遺民自居。

相對這些脫離明廷的，身在廣西的大學士唐諴、戶部侍郎張尚、大理寺丞吳德操、廣西巡撫余心度、督糧參議魏元冀等均先后向孔有德降清；而那些在廣東的高官顯宦們，如黃士俊、何吾騶、楊邦翰、李貞何、吳以連等同樣是投誠恐后，其中黃士俊年已八十二矣，有嘲之者云：“君王若問臣年紀，為道今年方剃頭！”

除了這些人之外，素來以風節自命，曾降于清廷，也曾跟隨李成棟反正的“虎頭”袁彭年和“虎尾”丁時魁，一個在廣東向尚可喜投降，另一個則在廣西向孔有德搖尾乞憐，并且有志一同的自稱當年在廣州反正是受到了李成棟的逼迫所致。

廣州、桂林，兩處失陷，大軍敗潰、星散，更有如陳邦傅者轉而降清的，而忠貞營在此事也已經無法于兩廣立足，只得北上夔東與其他大順軍殘部匯合。

明廷在兩廣的統治大有樹倒猢猻散的勢頭，永歷朝廷哪怕是逃亡南寧也同樣是朝不保夕。廣西清軍步步南下，永歷朝廷下詔令鄭成功率部勤王，奈何中左所遭到突襲，鄭成功不得不原道返回；自請督師夔東的首輔大臣文安之在路上遭到了孫可望的扣留；至此，永歷朝廷也只得再度向孫可望讓步，冊封其為冀王，結果自然是被一心求取秦王封號的孫可望所再度否決。

永歷五年二月，廣西清軍南下柳州，南寧岌岌可危，永歷朝廷已退無可退。眼見于此，孫可望連忙派出親信部將賀九儀、張明志領勁兵五千趕赴南寧護駕。二將抵達南寧后，殺兵部尚書楊鼎和，逼死阻撓封秦的首席大學士嚴起恒。到了次月，永歷帝不得不正式承認了陳邦傅、胡執恭矯封孫可望的秦王爵位，為滇封一案畫上了一個句號。

由于大西軍前來護駕，清軍的攻勢漸緩。待到大半年之后，清軍再起大軍，并且于臘月占領南寧。