搜索完大廳四周的艙室后，韓祖沿著通道繼續前行，朝著戰艦的上層飛去。他不知道戰艦的上層還有什么，但他覺得，既然已經搜索了下層和中層，不如繼續向上搜索，看看能不能找到一些有用的線索，比如提格人艦隊的指揮室，或者更多的記錄文檔。雖然之前沒有找到太多有用的信息，但他并沒有放棄，畢竟這艘戰艦上，一定隱藏著關于巨型太空血肉結構和提格人船員失蹤的真相。
沿著通道前行了大約三百多米，韓祖來到了戰艦的上層區域。上層區域的艙室比下層和中層更加精致，大多是船員的休息室和辦公艙，還有一些小型的會議室。這里的血肉組織相對較少，只有少數艙室被血肉組織部分覆蓋，大部分艙室都相對完好，只是布滿了灰塵和殘缺的物品，看起來像是被人匆忙遺棄的一樣。
韓祖逐個搜索著這些艙室，船員的休息室里，擺放著床鋪、衣柜和一些個人物品，衣柜里的衣物已經腐朽，床鋪也已經破損，沒有任何有用的信息；辦公艙里，擺放著辦公桌、椅子和一些文件，但文件大多已經被腐蝕，無法辨認具體的內容，辦公桌上的電腦也已經損壞，無法啟動；會議室里，擺放著會議桌和椅子，桌面上散落著一些殘缺的會議記錄，但同樣無法辨認內容。
在搜索的過程中，韓祖依舊在測試不同位置對承包商設備的影響。他發現，戰艦上層的大部分艙室，都不會導致承包商設備退化，手腕上的銀色手環依舊保持著佩戴式的形態，沒有任何變化；只有少數幾個靠近戰艦核心區域的艙室，會導致手環出現微弱的躁動，但不會繼續退化。這也進一步驗證了他的猜測――只有那些時間存在差異的位置，才會導致承包商設備退化，而戰艦上層的大部分位置，時間流速相對穩定，沒有出現明顯的時間差異。
韓祖繼續搜索，不知不覺中，他來到了戰艦的指揮室門口。指揮室的艙門是關閉的，艙門上有一個復雜的鎖具，鎖具上沒有被血肉組織污染，看起來相對完好。他嘗試著用能量打開艙門，能量注入鎖具的瞬間，鎖具發出“咔噠”的一聲輕響，艙門緩緩打開。指揮室的規模很大，中央擺放著一個巨大的指揮臺，指揮臺的周圍擺放著很多控制臺和監測儀器，墻上掛著巨大的顯示屏，顯示屏上已經黑屏，沒有任何畫面。
韓祖走進指揮室，仔細觀察著周圍的環境。指揮室里的設備比其他艙室的設備更加先進，也相對完好一些，雖然大部分儀器都已經停止工作，但還有少數幾個儀器的屏幕上，還顯示著一些模糊的數據，這些數據看起來像是戰艦的航行數據和戰斗記錄，但由于儀器被長時間閑置，數據大多模糊不清，無法辨認具體的內容。他走到指揮臺面前，仔細查看指揮臺上的按鈕和屏幕，試圖找到一些有用的信息，但指揮臺的屏幕已經黑屏，按鈕也沒有任何反應，顯然已經損壞。
他又查看了指揮室四周的控制臺，發現其中一個控制臺的存儲模塊還相對完好，沒有被損壞，也沒有被血肉組織污染。他心中一喜，立刻嘗試著啟動這個控制臺，想要讀取存儲模塊中的信息。然而，就在他啟動控制臺的瞬間，整個戰艦再次劇烈晃動起來，比之前第一次伽馬射線脈沖帶來的晃動更加劇烈，指揮室里的設備發出“哐哐”的巨響，一些控制臺和儀器被晃倒在地，摔得粉碎，墻上的顯示屏也被震碎，玻璃碎片散落一地。
韓祖立刻穩住身體，再次朝著舷窗望去。只見遠處的墨綠色扭曲恒星，再次爆發出強烈的墨綠色光芒，這一次的光芒，比第一次更加耀眼，幾乎照亮了整個戰艦的內部。緊接著，一道比第一次更粗、能量更強的伽馬射線脈沖，從恒星的中心噴射而出，這一次，脈沖的方向雖然依舊沒有直接朝著戰艦，但距離戰艦更近了一些，帶來的能量沖擊也更加強烈。
韓祖再次運轉能量，周身的灰色光暈變得更加濃郁，將自己的身體完全包裹起來，抵御著伽馬射線脈沖的能量沖擊。他能感受到，這一次的能量沖擊，比第一次強烈了數倍，戰艦的艙體開始出現裂痕，一些艙門被能量沖擊破壞，甚至有部分艙體的金屬板被融化，露出了里面的內部結構。指揮室里的設備，大部分都已經被徹底損壞，存儲模塊也在晃動中被摔碎，里面的信息徹底丟失，再也無法讀取。
即便能量沖擊如此強烈，他的身體依舊沒受到任何嚴重的損傷。他站在指揮室的中央，靜靜地觀察著外面的景象，只見那道粗壯的伽馬射線脈沖在宇宙中快速傳播，所過之處，一些小型的隕石瞬間被氣化，消失得無影無蹤。大約十幾秒鐘后，伽馬射線脈沖消失在視野中，恒星的墨綠色光芒也逐漸減弱，恢復到了之前的狀態，戰艦的晃動也慢慢平息下來。
晃動平息后，指揮室里一片狼藉，幾乎所有的設備都已經被損壞，地面上散落著大量的玻璃碎片、金屬零件和儀器殘骸，空氣中彌漫著灰塵和金屬被融化后的焦糊味。韓祖撇了撇嘴，有些失望，原本以為能夠從指揮室的存儲模塊中找到一些有用的信息，沒想到卻被第二次伽馬射線脈沖破壞了，現在，他又失去了一個獲取信息的機會。
他仔細檢查了一下指揮室的四周，確認沒有任何有用的信息后，便離開了指揮室，繼續搜索戰艦上層的其他艙室。但剩下的艙室，大多是船員的休息室和小型倉庫，里面沒有任何有用的信息，也沒有遇到任何血肉生物或構造體。韓祖一邊搜索，一邊思考著時間差異的問題，他越來越覺得，這個詭異的恒星，一定有著不為人知的秘密，而部分區域出現的，時間流速的異常狀況，八成也和那顆詭異的扭曲恒星有關。_c