安東都護府的設立，如同一塊巨石投入湖面，在高句麗故地激起了層層漣漪。軍事征服的雷霆之后，是更為復雜、艱巨且漫長的戰后治理與消化。李瑾深知，刀劍可以摧毀一個國家，但要讓這片土地上數百萬民眾真心歸附，讓“安東”真正安寧，需要的不僅僅是駐軍和衙署，更是人心。
首要且最敏感的，便是對高句麗遺民的處置。這并非簡單的征服者與被征服者的關系，而是涉及數百萬人口、復雜的社會結構、深厚的歷史文化認同的龐大工程。一著不慎，便可能引發連綿的抵抗，讓之前的軍事勝利付諸東流。李瑾在深思熟慮并與幕僚反復商討后，定下了“分化、吸納、同化、安撫”并舉的總體策略，并雷厲風行地開始推行。
一、貴族與精英：遷徙與馴化
高句麗王室、泉男生一黨核心成員及其直系家族，被列為必須“內徙”的首批對象。在精銳唐軍的“護送”下，高藏及其妃嬪、子女、近支宗室數百人，連同泉男生、淵凈土等已死或被捕叛臣的主要親屬、黨羽，共計兩千余口，分成數批，踏上了前往洛陽的漫長旅程。他們將被安置在洛陽、長安附近的特定里坊，賜予宅院、田產，享有一定的生活保障，但處于嚴密的監視之下，形同高級囚徒。這是斬斷高句麗復國政治象征和核心力量的關鍵一步。沿途，李瑾嚴令護送將領務必保證這些人安全，不得虐待，但亦不得使其與舊部有任何聯系。
對于其他高句麗貴族、官員、地方豪強、大商賈，則采取了“自愿內附，厚賞分置”的政策。都護府發布公告，明確列出內附的好處：授予中原官職（多為散官、虛銜）、賜予關內、江淮、山南等地良田美宅、子弟可優先進入國子監或地方官學就讀、經商給予便利等。同時，對堅持留居本地者，則要求其遣送至少一名嫡子或重要子侄前往平壤或洛陽“入侍”（實則為質），并詳細登記其家族人口、田產、奴仆，接受都護府的監督和賦稅征調。
此策一出，反應各異。部分對高句麗王室感情深厚、或對唐充滿疑慮的貴族，寧愿交出人質，也要留在故土，觀望風色。但更多嗅覺靈敏、或本就與泉男生政權不睦的貴族、富戶，看到了融入強大唐朝體系可能帶來的長遠利益和安全感，選擇了舉家內遷。短短數月間，陸續有近百戶高句麗上層家族，變賣部分不易攜帶的產業，攜帶著金銀細軟、書籍典籍、能工巧匠，在唐軍保護下，踏上了西行或南下的道路。他們被分散安置在中原各地，避免了形成新的地方勢力，同時也將高句麗的文化、技術（如某些建筑、醫藥、工藝）帶入了唐朝，開始了緩慢的文化融合。
二、平民與士卒：安置與吸納
對于占人口絕大多數的平民、普通士兵、手工業者、商人，李瑾的政策以“安撫穩定，恢復生產，逐步吸納”為主。
第一要務是恢復秩序，保障民生。嚴厲鎮壓趁亂劫掠的潰兵、匪盜，宣布大赦除了泉男生死黨外的所有脅從軍民。派出大量宣撫使，持李瑾手令，深入城鄉，用高句麗語和漢語發布安民告示，承諾“各安生業，既往不咎”，宣布免除安東都護府轄境內所有百姓當年的租庸調，并視情況減免未來一至兩年的賦稅。同時，打開從高句麗王室、叛亂貴族府庫中繳獲的部分糧倉，在平壤、遼東城、國內城等主要城市設立粥棚，賑濟因戰亂而流離失所的難民，并發放少量糧種、農具，鼓勵其返回原籍或就近開墾無主荒地，恢復農業生產。
“民以食為天。春耕已誤，夏耘秋收不可再失。傳令各州縣，首要之務，便是助民復耕。凡有主之地，確認地契后，發還原主耕種；無主之地、叛產，由官府統一招佃，或分與無地之民、有功將士屯墾，三年內租賦減半。”李瑾在都護府會議上強調。他深知，只有讓百姓有地種、有飯吃、有活路，社會才能穩定，統治才有基礎。
第二是吸納丁壯，化兵為民，亦民亦兵。高句麗軍隊在戰后瓦解，大量士卒潰散回鄉，或成為流民。李瑾下令，原高句麗士兵，可自愿選擇：一是解甲歸田，與平民一樣分地、免賦；二是通過選拔，編入新設立的“安東團結兵”或“城傍兵”，成為大唐在當地的輔助軍事力量，接受唐軍訓練和指揮，駐扎本地或輪戍他處，給予軍餉、田地，立功者可升遷甚至轉入正規唐軍。此舉既消化了不穩定因素，又為唐軍補充了熟悉地形、氣候的兵員，還節省了從內地調兵的巨大消耗。當然，對這些“團結兵”的編制、將領任命、駐地調防，李瑾牢牢掌握在都護府和親信漢將手中，防止其尾大不掉。
第三是推行教化，開啟同化之門。在平壤設立“安東官學”，招募通曉漢文和高句麗語的學者任教，首批學生主要從歸順的高句麗中下層官吏、地方豪強子弟以及唐軍中有功將士子弟中選拔，教授儒家經典、大唐律令、漢文書法算術。李瑾甚至親自題寫了“宣化導俗”的匾額。同時，下令各州縣，鼓勵甚至資助地方興辦鄉學、村學，教材以朝廷頒布的《五經正義》等為主，師資可聘請流寓至此的漢人士子，或選拔本地通曉漢文的學者。對于學業優秀者，可推薦至洛陽國子監深造，或參加唐制的科舉考試（雖初期名額極少，但象征意義巨大）。教育，是從根本上改變下一代認同的長遠之策。
三、土地與賦稅：制度的接軌
要建立長久統治，必須在經濟基礎上與唐朝制度接軌。李瑾以都護府名義，開始在高句麗核心區域推行唐制的基礎――戶籍和土地制度。
他派出大量由唐吏、投降高句麗文吏、唐軍文職人員組成的清查隊伍，深入各地，結合高句麗舊有戶籍（部分毀于戰火）和實地核查，重新登記戶口，編制新的戶籍冊，區分“課戶”（承擔賦稅徭役）與“不課戶”（如官員、軍人、特殊技藝者等）。同時，大力推行均田制。將大量因戰亂形成的無主荒地、沒收的叛亂貴族土地，以及部分官有牧場、山林，按唐制授予無地、少地的平民、歸順士兵、內遷漢民。規定“丁男、中男給田百畝，其中二十畝為永業田，八十畝為口分田”，女子、奴婢、工商戶減等授田。永業田可傳子孫，口分田身死還官。這一政策極大地吸引了無地流民和貧苦百姓，迅速穩定了基層社會，也為朝廷未來的賦稅收入打下了基礎。