“其八，醫道館。”李瑾最后道，“此番跨海遠征，將士傷病甚多，尤以海上疫病、外傷感染為甚。此館專研醫理、藥學、外科。不僅要整理、驗證前人驗方，更需探究人體構造、病因病理。可……適當進行解剖研究（此一出，在座幾人臉色微變），以明臟腑經絡之位。廣搜天下藥材，辨識藥性，煉制新藥。尤要研究如何防治遠航之疾，如何更好處理戰傷。館主……”他看向一位原為軍醫，以擅長處理金瘡外傷和防治瘴癘著稱的華九針，“華先生，有勞了。”
華九針性格沉穩，只微微頷首：“醫者本分。若能明人體之奧妙，尋治病之良方，活人無數，乃大功德。只是解剖之事，恐惹非議……”
“非常之時，行非常之事。一切以救治將士、探索醫理為重，外界紛擾，自有本院與朝廷擔待。”李瑾語氣堅定。
八大學館，框架初立。算學為基，格物、化機探究原理，地輿認知環境，舟車、軍械、農工、醫道則是原理在各個具體領域的應用。這是一個初步的、但意圖明確的“科學-技術”分類體系，將原本散落于百工、方技、術數中的知識，第一次嘗試進行系統性的歸納和提升。
框架易立，血肉難填。如何讓這八個學館真正運轉起來，而非空有架子？李瑾深知，教材、師資、研究方法，是三大基石。
“各館館主、博士，首要任務，并非立刻著手驚天動地之發明。”李瑾對眾人道，“而是編書！將爾等所知、所會、所悟，無論來自家傳秘技、師徒口授，還是自身摸索之經驗，盡數整理、記錄下來。去除玄虛模糊之語，力求準確、清晰、可驗證、可傳授。圖形、數據、配方、步驟，務求詳盡。算學館，需編撰新的算學教材，從啟蒙直至高深。格物館，需將從杠桿、滑輪到光學、磁學之現象與初步原理，整理成冊。化機館，需將物質分類、常見反應、冶煉提純之法，系統記錄。地輿館需修訂星圖、繪制標準地圖、編寫地理志。舟車、軍械、農工、醫道諸館，亦需將各自領域之技藝、經驗、疑難，條分縷析，著書立說！”
“此非為藏之名山，而是為教學，為傳承，為后世之基！”李瑾環視眾人，聲音鏗鏘，“院內生員，將依其志趣天賦，分入各館學習。博士、直院，需親自授課，講解原理，指導實作。每月考核，優者獎，劣者勉。學成之后，經考核優異者，可留院深造，亦可薦往工部、將作監、少府監、水師、邊軍、乃至地方州縣，推廣新學，應用新技！”
“此外，”李瑾強調，“各館之間，絕非壁壘。算學為各館共用之工具。舟車館造艦，需地輿館之海圖，需軍械館之火炮安置設計。軍械館研制火藥，需化機館探究配比反應。醫道館防治航海病，需舟車館提供船只環境，需化機館協助提純藥物……各館需時常切磋，聯合攻關。院內將設‘論學堂’，定期舉辦講論，各館博士、生員皆可登臺，講述發現，辯論疑難。真理越辯越明！”
李瑾的構想，如同投入平靜湖面的巨石，在格物院內部激起了巨大的波瀾，也引來了外界更強烈的關注與非議。
院內，那些原本只是憑一技之長被招募來的工匠、方士、學者，第一次感受到自己的“手藝”或“學問”，被如此鄭重地對待，被要求上升到“著書立說”、“傳道授業”的高度。有人興奮，覺得找到了畢生追求的歸屬；有人惶恐，自覺肚中墨水有限，難以提筆；也有人不以為然，覺得多此一舉，手藝靠的是手把手教，寫什么書？
外界，尤其是清流士林，對格物院這套“分科授業”、“工匠著書”、“方士為師”的做派，批評之聲更烈。有御史在上朝時公開彈劾，稱“李瑾聚斂奇巧，變亂學統，使匠役之徒，妄議經國大道，僭越師道，敗壞人心，請罷格物院，以正視聽。”更有腐儒寫詩作文譏諷，將格物院比作“百工市肆”，將李瑾比作“蠱惑君心之少府監令”。
然而，這一切反對的聲音，在皇帝李治的默許和天后武媚娘的全力支持下，都未能動搖格物院分毫。武媚娘甚至親自下旨，從內庫撥出一批珍貴典籍、儀器賜予格物院，并允諾對各學館編撰的“教材”進行御覽，優秀的還將敕令刊印。這份背書，分量極重。
格物院內，逐漸走上了正軌。算學館內，趙玄默帶著幾位精通算學的博士和生員，開始用李瑾引入的簡化數字和符號，重新推演、注解《九章算術》，并嘗試整理李瑾口述的一些幾何、代數新知識。沙盤和算籌的噼啪聲日夜不息。
格物館中，清玄子指揮著助手，用簡陋的器材（杠桿、滑輪、斜面、水鐘、簡單的透鏡等）設計各種實驗，測量、記錄、討論，試圖找出規律。雖然許多概念還很原始，但那種“實驗-觀察-歸納”的方**雛形，已經開始萌芽。
化機館里，章煥和一群原本的煉丹士、窯工、染匠們，將各種礦物、藥物、原料擺開，用天平（李瑾指導制作的簡易天平）稱量，用爐火煅燒，用器皿溶解、混合、沉淀，記錄下每一次變化的顏色、氣味、狀態，試圖分類。雖然離真正的化學還很遠，但已開始擺脫純粹的經驗和玄學描述。
地輿館的觀測臺上，架起了新制的青銅大型象限儀和簡儀，日夜觀測星象。繪圖紙上，越來越精確的大唐疆域圖、沿海圖正在繪制，對倭國、新羅、渤海等地的地理信息也在不斷補充修正。
舟車館的工棚里，擺滿了各種艦船模型和馬車部件模型，鄭海、魯平等人拿著規尺，激烈爭論著某種新船型的帆面曲度和龍骨比例。
軍械館守衛森嚴，里面不時傳來沉悶的爆炸聲和金屬撞擊聲。農工館的試驗田里，種植著來自不同地區的稻麥品種，田豐帶著人仔細記錄著長勢。醫道館則彌漫著藥香，華九針正在小心翼翼地用李瑾描述的人體結構草圖，對照著一些動物解剖，向幾位挑選出來的、膽子大的生員講解……
李瑾時常漫步于各館之間，有時參與討論，解答一些關鍵概念（他小心翼翼地引導，而非直接給出超越時代太多的答案），有時只是靜靜觀察。他看到生員們眼中閃爍的求知光芒，看到博士們為某個問題爭得面紅耳赤，看到工匠們用粗糙的手，在紙上畫出精細的圖紙……
他知道，這條路還很長，會遇到無數的困難、非議甚至反復。但種子已經播下，分科而授的體系已經建立，探索的火炬已經點燃。這八大學館，就像八條剛剛疏通的溪流，雖然細小，卻方向明確，終將匯成推動時代巨輪前進的洪流。科學的幼苗，正在這前所未有的、系統化的培育下，開始緩慢而堅定地生長。_c