洛水文會的波瀾，如同投入池塘的石子，漣漪在士林間持續擴散。新舊思想的交鋒并未因楊炯的調和而止息，反而在更廣泛的層面，以更微妙的形式展開。然而，在格物院的高墻之內，在那些擺滿儀器、堆滿圖紙、彌漫著硝煙、藥草或金屬氣息的工坊與學館中，一種更為深刻、更為本質的變化，正在悄無聲息卻又堅定無比地發生。爭論的喧囂似乎被隔絕在外，這里的人們，正遵循著某種內在的、新生的規則，專注于手頭具體而微的問題。一種不同于傳統“格物致知”（其最終指向是道德心性）的新認知方式，一種可以稱之為“科學萌芽”的精神與實踐，正在這片被精心開墾的土壤中，破土而出，舒展嫩芽。
麟德十二年夏，格物院舉辦了一場內部的“學述評議”。這并非正式朝會，也非文人雅集，而是各館主、資深教習、優秀學員齊聚一堂，匯報各自領域的最新進展，相互質詢，辯難求真。與會者不再僅限于皓首窮經的大儒，更多是些“不倫不類”的人物：有身著道袍卻滿手墨漬的算學博士，有挽著袖子露出精悍小臂的舟師老匠，有渾身散發藥石氣味的前煉丹方士，有能精準繪制星圖卻對經義不甚了了的司天臺年輕官員，甚至還有幾位因精于接骨而被特聘入醫學院的民間瘍醫。他們的共同點是，眼中閃爍著對未知的好奇和對答案的渴求。
地輿館的陸明遠首先站起，他身后是一幅巨大的、不斷被修訂的《坤輿萬國全覽草圖》。他指出了圖上幾處海岸線的修正，依據是最近從廣州、揚州市舶司匯總的，由海商、水手們記錄并提供的最新航行日志。“……此處海灣，舊圖有誤，據‘海鶻三號’船長所述，其地多暗礁，水流湍急，與圖中平緩迥然。下官以為，輿圖之學，首重實證，道聽途說、臆測勾連皆不可取。當廣募四海舟子之，詳加勘對，方能漸近真實。此非一日之功，需持之以恒，代代積累。”他提出了建立“航路日志庫”的構想，系統收集、整理、驗證各地水文地理信息。這是一種基于觀察、記錄、驗證、積累的實證地理學方法的自覺。
接著是算學館的趙玄默。他沒有高談《九章》奧義，而是展示了一套新編的《算學階梯習題集》。這套書不僅收錄了傳統的田畝、賦稅、工程算題，更增加了大量基于實際的新問題：如何計算不同坡度下水渠流量？如何根據星高測量船位（簡單的緯度計算）？如何為新型火炮設計射表？如何分配船隊貨載使重心最穩？“算學之用，在于解決實際問題。問題愈切，則算法愈精。今后，我館將向舟車、軍械、化機諸館征集算題，共同研討解法。算學非屠龍之技，當為百工之基石。”數學，開始被視為描述和解決現實世界問題的通用工具，而不僅僅是經學附庸或純粹的思維游戲。
醫學院的秦鳴鶴，在經歷了最初的倫理掙扎和手術實踐后，變得更加務實。他展示了一份詳細的《金瘡感染與處理方式對照記錄》。表中記錄了近百例外傷病例，詳細列明傷口類型、處理方式（是否用酒精、是否沸煮布條、縫合手法、用藥）、愈合情況、是否發熱（感染）。盡管沒有現代的統計分析概念，但這張簡陋的表格，清晰顯示出采用“潔凈法”（酒精消毒、煮沸布匹）處理的患者，其“發熱潰爛”的比例遠低于傳統方法。“此表或有不全，然趨勢可見。醫道關乎生死，不可全憑臆斷古方。當詳加記錄，對照比較，以效驗為憑。老夫已命瘍科學員，此后所有接診，皆需按此格式記錄在案，定期匯總分析。”一種原始的、基于病例對照的臨床觀察和歸納方法，正在被不自覺地應用。
最引人注目的，是化機館的章煥。他帶來的不是新的丹藥配方，而是一份《物質分合變化紀要》。他詳細記錄了用不同方法提純硝石、硫磺的步驟與產物，記錄了木炭、焦炭燃燒的差異，記錄了多種金屬在酸、堿、鹽溶液中的反應現象，甚至記錄了用玻璃器皿加熱水，觀察蒸汽推動輕小物體的實驗。“……我等以往煉丹，多求‘變化’之玄妙，而少究‘為何變化’。今遵太子太師之教，首重觀察、記錄、重現。任何變化，需可觀察、可記錄，且他人依同樣步驟，當可得同樣結果。若有不同，則需探究緣由，是物料不純？是火候差異？是器具有別？如此，方能去偽存真，漸明物性。譬如硝、硫、炭三者，比例不同，研磨粗細不同，混合均勻與否，其燃爆之效，天差地別。此非玄理，實乃物性使然，可探可究。”這已經非常接近“可重復、可驗證”的實驗科學思想萌芽，盡管其理論框架仍是模糊的“物性”說。
在巧器坊，宇文恪不再僅僅被視為一個手藝高超的匠人。他和他的團隊，正在系統地研究不同木材的強度、彈性，不同金屬的硬度、延展性，不同齒輪嚙合方式的傳動效率與磨損。他們開始繪制標準的零件圖紙，標注尺寸，嘗試建立一套“工巧度量規范”，以便零件可以互換、工藝可以傳承。面對蒸汽機原型機（一個粗糙的、漏氣的、效率極低的“紐科門式”大氣壓蒸汽裝置，僅能用于提水演示）連續失敗的困境，他們沒有訴諸神秘或放棄，而是逐一排查：密封材料不行？嘗試鉛、麻、皮革、油脂的不同組合。氣缸加工不圓？改進鏜床。冷凝效率低？改變噴水方式和冷卻結構。“失敗乃常事，然每次失敗，需明其所以敗，記錄在案，下次改進。十次百次，或可近一步。”這種基于試錯、記錄、改進的工程技術研發模式，正在形成。
李瑾靜靜地聽著，看著。他知道，真正的“科學的種子”，并非他直接帶來的任何一項具體技術或理論――無論是粗糙的世界地圖、日心說的猜想、還是蒸汽機的草圖――那些只是“魚”。真正的種子，是他和這個時代最敏銳的頭腦們，在解決實際問題、追求“有用”知識的過程中，不自覺地培育和踐行著的那些新方法、新態度、新組織形式：
系統性觀察與記錄：不再滿足于模糊的、文學化的描述，而是追求精確的測量、詳細的記錄、標準的術語。
實驗與驗證：開始有意識地設計情境（哪怕是粗糙的），去檢驗想法，重視“可重復性”。