儒家雖非嚴格意義上的宗教，但在這場思想整肅中也未能完全置身事外。朝廷通過“三教同風堂”和科舉內容的微調（增加對“忠孝”的實用性解讀和對朝廷當前政策的理解），進一步強化了儒家思想服務于現實政治的面向。那些固守“華夷之辨”、“牝雞司晨”等傳統教條、對現狀有所不滿的儒生，在仕途和輿論上會感受到無形的壓力。
四、新的生態與隱患
經過近一年的強力整頓與制度構建，到了麟德二十一年夏，帝國的宗教領域呈現出一種前所未有的新生態：
表面上看，高度馴服，整齊劃一。天下寺觀，無論釋道，其主要活動都圍繞著“忠君、護國、利民、向善”展開。講經說法，必引《仁王》、《大云》；法會齋醮，必為“圣壽無疆”、“國泰民安”祈福；寺觀經濟被嚴格限定，不再構成威脅；僧道領袖的任免榮辱，系于朝廷考核。曾經活躍的宗派論爭、佛道互諍，在政治高壓和利益導向下，迅速沉寂，轉化為對朝廷意識形態的競相詮釋與迎合競賽。“三教同風堂”在更多州縣推廣，盡管仍有儒生私下譏其為“雜燴”，但無人再敢公開反對。朝廷，似乎已經將這股曾經難以駕馭的精神力量，完全納入了為帝國服務的軌道。
然而，在這平靜馴服的表面之下，李瑾和一些清醒的官員，看到了暗藏的隱患。
首先是信仰的虛偽化與功利化。當信仰的表達與現實的利益（度牒、寺產、賞賜、地位）緊密掛鉤，當“虔信”的標準被置換為“忠君”的表態和“貢獻”的量化時，真正的宗教精神可能正在流失。許多僧道忙于應付官府考核，熱衷于參與官方組織的“利民”活動以積累“功績”，對深奧經義的研習、對內心修為的錘煉，反而被忽視。宗教有淪為另一種“吏治”的風險。
其次是新貴勢力的膨脹。以薛懷義為首的、因積極擁戴“大云經敘事”而獲寵的僧侶集團，權勢急劇膨脹。他們不僅干預佛教內部事務，還憑借接近天后的特權，開始插手一些世俗事務，如工程營造、官員薦舉等。薛懷義本人驕橫跋扈，連宰相有時都不放在眼里。這股披著袈裟的新興政治力量，因其缺乏深厚的宗教素養和道德約束，行事往往肆無忌憚，引起朝野不少正直之士的反感，也埋下了未來沖突的種子。
再者是潛在的抵抗轉入地下。公開的、有組織的反抗被粉碎后，不滿情緒并未消失，而是轉入更隱秘的層面。一些堅持傳統信仰的僧侶、道士，采取“陽奉陰違”的態度，表面遵從，內心抵觸。民間也可能出現對官方欽定、略顯生硬的“三教合一”說教的不以為然，甚至私下流傳一些諷刺朝廷宗教政策的笑話或“鬼故事”。思想領域的完全統合，絕非一蹴而就。
最后，是對太子李弘的影響。逐漸成長、開始接觸更多政務的太子，天性仁厚，對藍田法門寺的殘酷處置，內心頗有微詞。他雖然理解母親和叔父維護朝廷權威的必要，但對于薛懷義等“幸進”僧人的張揚，以及宗教政策中過于濃烈的功利和強制色彩，感到不安。他曾私下對李瑾表示：“叔父，以力壓之，其服也暫；以理導之，其化也長。如今這般，是否過于……”李瑾也只能以“亂世用重典，矯枉需過正”來寬慰，但他知道，太子心中的疑慮，反映了這種高壓政策在“道義”層面存在的軟肋。
五、洛陽盛會
為了展示宗教整頓的成果，進一步鞏固新的秩序，麟德二十一年六月，朝廷在洛陽舉辦了一場盛大的“護國佑民”法會。法會由禮部“三教協調分署”主辦，薛懷義等僧官具體操辦。天下各州郡，選拔“考核優異”、忠君表現突出的僧、道、儒“三教菁英”代表，齊聚洛陽。
法會在新建的、氣勢恢宏的“天堂”前舉行。武則天與病體稍愈的李治（象征性地出席），率文武百官親臨。法會程序莊嚴繁復：首先由儒生代表宣讀頌揚天皇、天后圣德、國泰民安的表文；接著由道士代表舉行盛大的祈福齋醮，祈求風調雨順、皇圖永固；然后由薛懷義率僧眾，高聲誦念《仁王經》和《大云經》關鍵章節，尤其是那些關于“女主護國”、“菩薩化身”的內容，聲震云霄。
法會的高潮，是朝廷對過去一年中，在“忠君愛國”、“推行教化”、“利民實務”等方面表現“卓著”的寺觀及僧道，進行集中表彰。賜匾額、賜紫衣、賜錢帛，并宣布其中“最優異”的十所寺觀，升格為“護國寺”或“護國道觀”，享受更多優待。同時，再次嚴厲申明各項管理制度，警告“不法者，法門寺為鑒！”
這場盛會，是一次精心編排的、宗教力量向皇權徹底臣服的公開儀式。三教代表，無論內心真實想法如何，都在天子和萬民面前，表達了他們對朝廷、對“大云經敘事”的絕對擁護。皇權的光輝，借助宗教的儀式感，被渲染到極致。
看著臺下那些恭敬的僧道，看著高臺上母親平靜而威嚴的側影，李瑾心中并無太多欣喜，只有一種沉重的了然。宗派的重洗牌已經完成，一個新的、完全服從于朝廷的宗教管理格局初步建立。皇權，暫時壓倒了試圖獨立的神權（或教權）。但這平靜的水面下，新的暗流是否已在滋生？這種建立在強力控制和利益捆綁上的服從，能持續多久？當“神圣敘事”的光環隨著時間推移而褪色，當高壓稍有松懈，那些被壓抑的信仰本能和宗派特性，是否會以新的形式反彈？
他不知道答案。他只知道，路已經走到這里，只能繼續向前。下一步，是如何將這種“神權為皇權服務”的模式制度化、常態化，并寫入這個帝國的統治基因。而這，將是最后，也是最關鍵的一步。_c