麟德二十一年，春。藍田法門寺的廢墟早已清理干凈，熔爐的熱氣與血腥味也已散去，但那場雷霆般的毀滅所激起的寒潮，卻以洛陽為中心，迅速席卷了整個帝國的宗教世界。它不是終結，而是一場更為深刻、更為徹底的重塑的開端。在皇權與鐵腕鑄就的熔爐中，原有的宗教勢力格局被徹底打碎、淬煉，即將按照新的藍圖，重新澆鑄成型。
一、余波與震懾
藍田事件的詳情，被御史臺、禮部刻意渲染后，以邸報、公文形式，迅速傳遍各道州縣。奏報中詳細“揭露”了法門寺如何“藏匿亡命、兼并田產、私蓄甲兵、蠱惑鄉民”，更重點突出了其“公然詆毀《大云經》神授，謗訕朝廷，圖謀不軌”的“大逆”之罪。最后的處理結果――“首惡伏誅，脅從流徙，寺產充公，違制建筑盡拆，銅像法器悉熔”――每一個字都像淬了冰的釘子，釘進了天下所有寺觀住持、道長的心頭。
恐懼，是最有效的清醒劑。那些曾經對“限僧策”陽奉陰違的寺院，現在爭先恐后地主動配合官府，清退隱戶，申報田產，甚至主動提出捐獻部分“多余”寺產以“報效朝廷”。那些曾對《大云經》及“女主當興”之說私下非議、不以為然的高僧大德、道門領袖，要么緊急召集徒眾，重新解讀《大云經》，將其與《仁王經》、《本愿經》等傳統護國經典強行勾連，論證“神皇臨朝”乃“末法時代之明燈，眾生之依怙”；要么保持緘默，緊閉山門，約束弟子不得妄議朝政、詆毀“正法”。
朝廷的回應迅速而明確。對于積極配合、主動“靠攏”的，給予表彰，賜額、賜紫、賞物，甚至允許其在“三教同風堂”的宣講中占據更重要的位置。對于態度曖昧、行動遲緩的，則派出御史、按察使“巡視”，清查賬目，檢點僧道名額，稍有不合規處，便嚴詞申飭，限期整改。一時間，天下寺觀風聲鶴唳，人人自危，也人人思變。原有的，基于宗派傳承、佛道高下的內部秩序，在朝廷絕對力量的碾壓下，開始松動、瓦解。
二、建制與規范
在恐懼的寒潮之后，是制度建設的暖流（或者說，是套上籠頭的韁繩）。禮部祠部司下的“三教協調分署”職權迅速擴大，人員增加。在李瑾的主持下，一系列細化法規相繼出臺，構成了對宗教勢力進行全面、系統管理的“天典”（仿唐律格式，此處可虛稱為《三教協調令式》或《寺觀管理新格》）。
首先，是嚴格的“額度”與“戶籍”管理。天下各州縣寺觀的數量、規模、僧道員額，由朝廷根據州縣人口、賦稅、傳統等因素，重新核定上限，稱為“額設”。無額寺觀，限期合并或拆毀。所有僧尼、道士、女冠，必須持有由禮部統一印制、地方官府加蓋印信的“度牒”（出家憑證）和“戒牒”（受戒憑證），并登記于專門的“僧道籍”，相當于另類的“戶籍”，嚴格管理其流動。私自剃度、無牒游方，皆以“私度”論罪，本人及收留寺觀一體懲處。
其次，是系統的“考核”與“升遷”制度。借鑒官員考課法，對僧官、道官（寺觀三綱、威儀等）設立“德、才、功、過”四格考績法。“德”即是否“忠君愛國，恪守清規，品行端方”；“才”即是否“通曉經義，善于講說，導人向善”；“功”即所在寺觀在“勸課農桑、賑濟災荒、施醫施藥、修橋補路、協助教化”等方面有無實際貢獻；“過”則記錄其各種過失，尤其是“謗訕朝廷、詆毀正法、結交匪類、行為不檢”等。考核由地方州縣官主持，會同當地“三教協調分署”派駐官員及士紳代表共同進行，結果上報禮部存檔，作為其升遷、賞罰乃至保留度牒的依據。這徹底改變了以往主要靠聲望、輩分、宗派傳承決定僧道領袖的舊例，將人事權牢牢抓在了朝廷手中。
第三，是全面的“經濟”與“活動”監管。寺觀田產，嚴格實行“限額”與“清丈”，超出部分，或沒收，或強制“捐獻”給官府用于公益。禁止寺觀從事高利貸、大規模商業經營。寺觀接受捐贈、舉辦法會等大型活動，必須向官府報備，所得錢物需登記入冊，接受核查。更重要的是，所有寺觀的日常講經、法會、齋醮內容，尤其是涉及“護國”、“忠君”、“預”、“祥瑞”等敏感話題的，其核心文稿或提綱，需提前報送“三教協調分署”審核備案。未經備案的“私講”、“妄論”，一經發現，嚴懲不貸。這等于扼住了宗教思想傳播的咽喉。
最后，是明確的“榮寵”與“懲罰”標桿。朝廷明確列出哪些行為會受到表彰和賞賜（如主動宣講《大云經》與《仁王經》，積極推行“三教同風”，在災荒時大力賑濟等），哪些行為會招致嚴厲懲罰（如抗拒政令、私藏禁書、妄議朝政、結交宗室外官等）。賞罰分明，導向清晰。
三、分化與收編
在這一整套精細而嚴密的制度籠子下，原有的宗教勢力開始了急劇的分化與重組。
以佛教為例。曾經與朝廷關系密切、較早參與《大云經》注釋和宣揚的白馬寺（薛懷義）、大慈恩寺（部分高僧）系統，以及一些善于迎合、迅速轉向的僧侶，成為新秩序的最大受益者。他們不僅保住了寺產，還獲得了大量賞賜，其領袖被加封為“護國法師”、“大德”等榮銜，頻繁出入宮禁，參與國家大典。薛懷義更是一躍成為僧侶領袖，其督造的明堂、天堂工程，也被賦予了“彌勒凈土現世”的神圣光環。這些僧侶，實際上成了朝廷在佛教界的“代理人”和“傳聲筒”，他們的宗教權威，很大程度上依賴于政治恩寵。
而一些歷史悠久、宗風嚴謹、但在政治上不夠“敏銳”或不愿完全依附的宗派，如禪宗（北宗，此時神秀尚未入京）、律宗（部分堅持古律的寺院）、三論宗等，則感受到了巨大的壓力。他們或許在教義研習、戒律持守上享有清譽，但若不積極表態支持“大云經敘事”，不在“利國利民”的實務上有突出表現（或者說不善于“表演”和“匯報”），則在新的考核體系下難以獲得高分，在資源分配、政策扶持上便處于劣勢。朝廷對此的態度是“不禁止，不鼓勵，任其自生，但需守矩”。這實際上是一種溫和的邊緣化。
道教方面，情況類似但略有不同。以司馬承禎為代表的、注重心性修養、善于將道家思想與儒家倫理、政治哲學結合的上清派茅山宗，因為其學說本就符合“清靜無為”、“助益王化”的導向，且司馬承禎本人與李瑾、朝廷關系良好，故而繼續受到推崇。朝廷甚至鼓勵道觀多從事醫藥、養生、勸善等“實務”。而一些注重外丹黃白、齋醮符、甚至帶有民間秘密宗教色彩的道派，則受到嚴格限制和排查。“實用性”和“可控性”，成為衡量道派價值的新標準。