5.格物致知門（全新門類，下設力學、熱學、聲學、光學、磁學等子目，收錄杠桿、滑輪、浮力、鏡鑒、鐘律等原理探究與實驗結果，強調實驗、數據、結論）。
6.化機工巧門（全新門類，融合傳統煉丹、冶金、陶瓷、染色、釀造等，按物質變化分類，收錄物質性質、反應現象、提純方法、合金配方、火藥配制、新式焦炭煉鐵法等，強調流程、配方、安全）。
7.舟車軍械門（收錄船舶、車輛、橋梁、宮室等營造法式，以及各種兵器、甲胄、攻城器械、新式火器的制造圖紙、用料、工藝，特別是飛輪船、新型海鶻艦、火炮、火槍的詳細制法和操作規程）。
8.農桑醫道門（分農桑、醫藥兩大塊。農桑部收錄新式農具、育種、嫁接、輪作、施肥、除蟲、水利之法。醫藥部下設“醫經”、“本草”、“方劑”、“解剖”、“外科”、“防疫”等子目，系統整理《黃帝內經》、《傷寒雜病論》、《神農本草經》等，并加入格物院醫道館新編的人體結構圖、手術器械圖、消毒法、麻醉法、常見病防治手冊等）。
9.博物志異門（收錄各地物產、奇珍、異獸、草木、礦物圖譜及特性，以及海外傳入的動植物、香料、寶石等，注重形態描繪、產地、用途，兼具知識性與趣味性）。
10.藝文雜纂門（收錄詩賦文章、琴棋書畫、禮儀樂律等，體現“道藝合一”）。
此分類法一出，滿座嘩然。傳統派大儒指責其“悖逆倫常，尊卑倒置”，“竟將匠作之術與圣賢經傳并列，成何體統！”甚至有人以辭職相威脅。
李瑾毫不退讓，他搬出了武后的旨意和“經世致用”的大旗，并請出幾位支持新政的務實派重臣如劉仁軌、裴行儉等為之聲援。更重要的是，他展示了格物院部分已編纂成冊的“教材”和實驗記錄，其條理之清晰、敘述之準確、圖文之并茂、數據之詳實，遠非傳統類書中那些語焉不詳、充滿神秘色彩的描述可比。他反問：“若依舊例，將火器制法歸入‘兵略’或‘器用’，寥寥數語，后人何以依之制造、改良？若將防疫之法散入‘醫方’，而無病理、傳播之說明，何以應對時疫？此典既為‘寶典’，當使后人開卷有益，按圖可索，習之能用，方不負‘開元’之名！”
爭論持續了數月。最終，在武后的默許和部分開明官僚的支持下，李瑾的“三層兩翼、十門百目”分類法，以其前所未有的系統性、實用性和包容性，獲得了通過。傳統經史部分仍占據重要篇幅，但新知識獲得了獨立的、堂堂正正的分類地位。
體例既定，浩如煙海的編纂工作全面展開。兩千余學者、匠人，在總纂、分纂的統領下，按照新的分類框架，開始了緊張的編纂。傳統典籍的校勘、輯錄、分類，由國子監、弘文館的碩儒們負責。而新知識的整理，則成為格物院各館的主戰場。
算學館在趙玄默帶領下，以新符號、新方法，重新演繹、注釋、增補自古以來的算學經典，并編撰了全新的《算學階梯》作為基礎教材，附錄了大量實用算題（田畝、賦稅、工程、商貿等）。地輿館在陸明遠主持下，不僅將《坤輿萬國全覽草圖》及其繪制原理、測量方法詳盡編入，還整理了大量的地方志、行記、海圖，編成《天下輿地總匯》。格物館的清玄子，則組織人員將幾年來的實驗記錄、儀器制法、力學、光學、熱學初步原理，整理成圖文并茂的《格物初階》。化機館的章煥，帶著煉丹士、工匠們，以近乎“化學實驗手冊”的方式，整理物質特性、反應現象、冶煉配方，編成《化機要覽》。舟車、軍械、農工、醫道各館，更是將各自領域的“不傳之秘”――圖紙、配方、工藝流程、操作規范、病例分析――毫無保留地整理出來，形成一部部詳盡的“技術百科全書”。
編修過程本身，也是一次深刻的知識碰撞與融合。許多傳統學者第一次系統地接觸到這些“奇技淫巧”背后的原理和數據，從最初的鄙夷，到驚訝，再到沉思。而工匠、方士們，則在學習如何將自己的經驗，用準確、清晰的語和圖形表達出來。李瑾要求，所有收錄的知識，尤其是新技術、新發現，必須注明來源、驗證過程、可能誤差，并鼓勵記錄不同觀點和未解之謎。對于“日心說”這類爭議理論，則以“假說”、“異說”形式收錄，列出其解釋天象的優點與傳統渾天說的難點，供后人研究評判，體現了“存疑”、“求真”的精神。
繪圖坊內，畫師們根據各館提供的草圖、描述，繪制出精細的器物圖、結構圖、解剖圖、星圖、地圖、物產圖。樣本作坊里，工匠們則依圖制作縮小比例的模型，如新式水車、紡織機、船舶、火炮模型，甚至人體骨骼、器官模型，以備校核和直觀展示。
麟德十年春，到麟德十一年秋，歷時近兩年，這部曠世巨典的編纂工作，終于接近尾聲。全典分裝一千零三十三卷，目錄六十卷，總字數逾萬萬，插圖逾三萬幅。參與編校、抄錄、繪圖的學者、工匠、書手、畫師等，前后超過五千人。所耗紙張、筆墨、絹帛、物料不計其數，武后數次從內庫撥付專款，朝野稱之為“盛世修典，亙古未有”。
麟德十一年臘月，新修《開元寶典》的部分精華卷帙，以特制香墨、上等徽紙、錦緞函套裝幀完成，進呈御覽。武后與高宗皇帝在洛陽宮盛大儀式上接受獻書。當那堆積如山的典冊、精美絕倫的插圖、前所未見的分類呈現在面前時，即便是見慣了大場面的帝后與群臣，也為之震撼。
武媚娘親手翻閱了載有新式海船圖樣、火炮制法、世界地圖、人體解剖圖、蒸汽機原理（初步）闡述、新式農具圖譜的卷冊，鳳目之中異彩連連。她當廷下詔，褒獎所有修典人員，賜李瑾金紫光祿大夫，加太子太師如故，總纂、副總裁、各館館主等各有封賞。并下旨，于洛陽、長安各設“寶典閣”收藏全本，另抄錄三部，分藏于弘文館、崇文館、集賢院。并令將其中“切于民用”的農桑、醫藥、舟車、水利、算術等部分，摘要編為《開元寶典便民輯要》，刊印頒發各州縣，以廣流傳。
《開元寶典》的修成，其意義遠不止于一部大型類書的問世。它標志著，在李瑾的推動和武后的支持下，一套以“經世致用、格物求真”為核心，融合了傳統經典與新興科技，并試圖以相對系統、客觀、實證的方式進行整理和表述的新知識體系，第一次以國家權威典章的形式，登堂入室，獲得了正式的、官方的承認。盡管其中仍充斥著新舊思想的妥協與雜糅，傳統經學依然占據著名義上的首要地位，但那些曾經被視為“末流”、“小道”、“奇技淫巧”的實用知識與技術，終于有了與經史并列的獨立門類，其原理、方法、數據被鄭重其事地記錄、傳承。
這無疑是一次靜默卻影響深遠的“知識革命”。它為格物院的存在和“實學”的傳播，披上了最正統、最華麗的外衣。無數渴望新知的士子、匠人，將能通過這部大典，接觸到前所未有的知識世界。懷疑與實證的精神，系統分類與邏輯表述的方法，也隨著這部巨典的流傳，悄然滲透。
朝會上，一位白發蒼蒼的老儒，撫摸著剛剛頒發的《便民輯要》中那清晰準確的犁鏵改良圖樣和施肥說明，對著身邊同僚，喃喃嘆道：“自此以后，經義與匠作，同載典冊，恐圣人之道，將不得獨尊矣……”語氣復雜，不知是憂是嘆。
而在修典館那間總纂大廳里，李瑾看著最后一批書卷被裝箱運走，心中并無太多激動，只有沉甸甸的責任。他知道，這只是一個開始。《開元寶典》是一座豐碑，但更是一個，一個將知識從廟堂之高、私密之閣，推向更廣闊天地的。知識的種子已經播下，并有了第一片相對肥沃的土壤。接下來，是讓這些種子發芽、生長，并最終改變這片古老土地面貌的時候了。_c