接下來的時日，葉深幾乎足不出戶，全身心沉浸在鞏固修為、消化傳承之中。農莊密室成了他臨時的修煉場，每日除了必要的飲食休息，便是打坐練氣，演練拳法，研習傳承知識。
《清源養神篇》不愧為上古流傳的筑基妙法，中正平和，根基扎實。葉深本就心志堅毅，歷經生死磨礪，心性遠超同齡人，加之玉佩中封存的精純真元（如今他已基本確定，那股暖流便是玉骨前輩留下的、最為精純的“清源真氣”本源）打下了絕佳基礎，修煉起來事半功倍。
他每日寅時（凌晨3-5點）即起，于院中僻靜處，面朝東方初升的紫氣，演練“清源十二式”。這筑基拳法，看似簡單，實則蘊含深意。每一式都對應特定的呼吸吐納和真氣運行路線，動作需與呼吸、意念完美配合，快一分則氣散，慢一分則力滯。起初，葉深尚覺生澀，往往顧此失彼，但三五日勤練不輟后，漸入佳境。拳勢展開，動作圓融流暢，呼吸深長勻細，體內清源真氣隨之活潑潑流轉，如春溪淌過山澗，無孔不入地滋養、沖刷著四肢百骸、經脈竅穴。
他驚訝地發現，演練此拳法，對真氣的掌控和增長，竟比單純打坐搬運還要高效。一趟拳法打完，不僅不覺疲憊，反而精神奕奕，周身暖融，體內真氣也明顯壯大凝實了一分。尤其當他心無旁騖，意念沉入拳法意境之中時，更能隱隱感應到天地間游離的、稀薄而精純的“靈氣”（傳承中語），隨著他的呼吸吐納和拳勢牽引，絲絲縷縷地滲入體內，被清源真氣同化吸收。這讓他對傳承中“煉氣化神”的境界，有了更直觀的感悟。
午后，葉深則專注于打坐靜修，搬運周天。密室之中，點燃一根自制的、摻了少許“碧玉幽蘭”碎葉的安神線香（依據傳承中粗淺的制香法門），清冽的香氣有助于寧神定志。他五心向天，心神沉入丹田，引導清源真氣沿著《清源養神篇》記載的復雜路線，緩緩運行。一個大周天下來，往往需要一兩個時辰，真氣在經脈中流轉，不斷沖刷、拓展、溫養，去蕪存菁，愈發精純。
隨著修煉日深，葉深對內視之法也掌握得愈發純熟。他能“看”到體內原本狹窄滯澀的經脈，在真氣一次次沖刷下，逐漸變得寬闊堅韌；能看到五臟六腑在真氣滋養下，煥發出勃勃生機；甚至能隱約感知到眉心深處，一點微弱的、清亮的“神光”在凝聚、壯大――那是神魂開始凝練的跡象。按照傳承所述，當“神光”穩固，可內視己身，外感方圓，便是筑基有成的標志之一。
除了根本的修煉，葉深對傳承中其他知識的研習也未曾放松。
藥理篇是他重點鉆研的部分。獲得傳承記憶是一回事，真正理解、掌握、運用是另一回事。他將從紫金山帶回的幾種靈草，結合采購的普通藥材，反復試驗。沒有丹爐，他便嘗試以自身清源真氣為引，配合特制的陶罐和炭火，以傳承中記載的簡陋“真氣煉丹術”，嘗試煉制“清心滌魂丹”的簡化版――凝神散。
過程并不順利。真氣離體操控本就極難，對火候的把握、藥材投放的時機、真氣注入的力度和頻率，要求都極為精細。頭幾次嘗試，不是火候失控燒焦了藥材，就是真氣注入不均導致藥力沖突，煉成一爐黑灰。但他毫不氣餒，每次失敗都仔細復盤，對照傳承記憶，調整方法。
終于在第七次嘗試時，當他全神貫注，將清源真氣均勻、平穩地注入陶罐，控制著文火緩緩灼燒，按照特定順序投入處理好的“碧玉幽蘭”葉片和其他輔藥，并不斷以真氣調和其中藥性沖突時，陶罐內傳出了淡淡的、沁人心脾的清香。揭開罐蓋，底部留下一層薄薄的、泛著淡青色光澤的藥膏，質地細膩，藥香撲鼻。
葉深小心刮下藥膏，搓成數粒黃豆大小的藥丸。取一粒服下，藥丸入口即化，一股清涼之意直透靈臺，頓覺神思清明，雜念盡去，連運轉《清源養神篇》都順暢了幾分。雖然效果遠不如真正的“清心滌魂丹”，但比起之前熬制的藥液，藥力更加凝練持久，且易于攜帶保存。他將其命名為“清心丸”，雖只是下品，但對安定心神、抵御尋常精神干擾已有奇效，治療“神仙土”成癮者的戒斷癥狀，更是對癥。
同樣，他改良了“續骨生肌膏”的配方，加入了少量潭水和另一種輔助生肌的普通藥材，制成效果更強的“生肌散”，給陸大山外敷。不過數日，陸大山斷裂的肋骨愈合速度加快了一倍有余，原本蒼白的臉色也紅潤起來，已能勉強下地行走，對葉深感激涕零，更是震驚于自家少爺何時有了這般神鬼莫測的醫術。
符文陣法篇內容最為艱深，葉深目前只能理解最基礎的皮毛。他嘗試用特制的朱砂混合自身少量鮮血（傳承提示，蘊含自身氣機的血液可增強符文靈性），在黃符紙上繪制最簡單的“靜心符”和“警示符”。
“靜心符”繪制相對簡單，符文結構穩定，要求繪制者心平氣和，以神馭筆，將一絲清源真氣融入筆畫。葉深失敗了幾次后，終于成功繪制出一張。貼在密室墻上，果然感覺周圍空氣都清凈了幾分，修煉時更容易入定。
“警示符”則復雜些，需在繪制時注入一絲精神力作為“引子”，并設定觸發條件（如外人闖入、特定氣息靠近等）。葉深嘗試了十幾次，耗費了不少精神，才勉強成功一張，布置在農莊入口隱蔽處。當夜有野貓誤入觸發，葉深立刻心生感應，知曉了方位。雖然范圍有限，且容易被高手以氣機屏蔽，但對于防范普通宵小，已有大用。
這些實踐，不僅讓他對傳承知識的理解更加深刻，也初步掌握了運用之道。雖然只是粗淺應用，卻已讓他手段大增，不再是那個只能依靠拳腳和計謀的普通人了。